<<游戏王：次元的黑暗面>>是於2016年上映的<<游戏王>>系列剧场版动画。本作是为了纪念在1996年起开始的<<游戏王>>系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。
武藤游戏与身体内的另一灵魂「亚图姆」（闇游戏）正式道别後，重新回归平凡的学校生活。但将亚图姆视为劲敌的海马濑人，在消失的地方发掘「千年积木」并打算将其重新完成，试图再度复活亚图姆并与他决斗。海马集团的挖掘团队挖出积木後，工作遭迪瓦中断，他与海马决斗并取走了积木的两块碎片，并将一块碎片交给他的妹妹塞拉保管，但塞拉将碎片交给武藤游戏。
蓝神回到童实野市，目标之一是找獏良复仇。原来蓝神和这些有次元能力的孩子是当年夏迪收养的，獏良父亲当年找千年智慧轮的时候，被智慧轮中的黑暗力量杀死，獏良接触智慧轮之後也邪神上身， 迪瓦以假名蓝神与游戏等人建立友谊，并注意到游戏的朋友貘良，便使用他的能力将貘良送到另一个次元。貘良对此道歉并解释自己当时的行为是受到千年智慧轮内的邪神影响而导致。
海马濑人用夸张到不行的一对高科技，像是直达太空的电梯，在太空中的实验室，使用电脑重组千年积木後， 发现遗失了两个碎片，便挟持蓝神并告知游戏(因为知道在游戏手上)，并强迫他们参加自己设计的新型决斗盘的展示会，新型决斗盘使用了量子网路设计，可以连结大脑，好像可以透过大脑的记忆模拟出卡片还什麽鬼，所谓手中无卡，心中有卡，人卡合一的最高境界。海马还使用类似的方法在自己的实验室模拟出AI法老王对决，有够夸张，虽然赢了但因为只是记忆所以他仍然不满足，才想要拼凑千年鸡母把法老王的灵魂给叫回来，在新型战斗盘的展示会上，海马打算透过决斗击倒蓝神和游戏以取得他们手中的碎片，但由於貘良仍在另一次元，游戏便要海马让自己先与蓝神决斗。
游戏击倒了蓝神，让貘良得以归来。当游戏与海马对决时，游戏组装了千年积木并表示亚图姆的灵魂已不复存在。他们的决斗被受到千年智慧轮影响的蓝神中断，海马便和游戏搭档挑战蓝神。海马在决斗中牺牲自己以保护游戏(没想到海马竟然也会牺牲自己?!)。在决斗最後、游戏唤出了亚图姆，亚图姆只是召唤出玛哈特就莫名地把蓝神给打败了(令我难过的是亚图姆竟然都没发出声音只有露出脸就消失了呜呜，好歹跟游戏说一下话啊啊啊)，亚图姆和千年积木在之後都消失了，而海马也平安归来。
在故事的最後，游戏的朋友杏子和游戏等人在机场道别，前往美国实现自己成为舞者的梦想，而海马用他的科技重现了蓝神的能力，让自己的意识回到古埃及与亚图姆见面。